ความเสี่ยงที่ใหญ่ที่สุดของพันธบัตรและการลงทุนตราสารหนี้อื่น ๆ คือความเสี่ยงด้านอัตราดอกเบี้ยความเสี่ยงด้านเครดิตและความเสี่ยงด้านเงินเฟ้อ มีความเสี่ยงอื่น ๆ ที่ต้องคำนึงถึงเช่นความเสี่ยงต่อการโทร แต่จะใช้ในสถานการณ์ที่ จำกัด เท่านั้น
ตามกฎแล้วราคาพันธบัตรและอัตราดอกเบี้ยจะแปรผกผันกัน ราคาพันธบัตรมักจะลดลงเมื่ออัตราดอกเบี้ยสูงขึ้นเนื่องจากพันธบัตรใหม่ที่มีอัตราดอกเบี้ยสูงกว่าจะออกโดยทั่วไปหากอัตราดอกเบี้ยสูงขึ้น ตัวอย่างเช่นหากนักลงทุนซื้อพันธบัตรที่มีอัตราดอกเบี้ย 3% เมื่ออัตราดอกเบี้ยในตลาดเป็น 3% และพยายามขายเมื่ออัตราดอกเบี้ยในตลาดสูงถึง 4% เขาจะได้รับราคาที่ต่ำกว่าถ้าได้รับอัตราดอกเบี้ย ไม่เพิ่มขึ้น
เนื่องจากพันธบัตรเป็นรูปแบบของหนี้ผู้ถือหุ้นกู้จึงมีความเสี่ยงที่ลูกหนี้จะผิดนัดชำระ Moody's, Standard & Poor และหน่วยงานจัดอันดับตราสารหนี้อื่น ๆ เผยแพร่การจัดอันดับที่ประเมินความน่าจะเป็นของการผิดนัดชำระหนี้ของแต่ละบุคคลในตลาด มีสองส่วนหลักคือระดับการลงทุนและเกรดที่ไม่ใช่การลงทุน พันธบัตรเกรดที่ไม่ใช่การลงทุนมีความเสี่ยงด้านเครดิตที่สูงกว่ามาก แต่มักจะมีอัตราผลตอบแทนที่สูงขึ้นเพื่อชดเชย
อัตราเงินเฟ้ออาจเป็นอันตรายต่อนักลงทุนในตราสารหนี้เพราะผลตอบแทนของพวกเขาเป็นจำนวนคงที่ ในกรณีของเงินเฟ้อมูลค่าที่แท้จริงของจำนวนนี้จะลดลงและนักลงทุนอาจสูญเสียเงินจากการลงทุนตราสารหนี้ วิธีที่ง่ายที่สุดในการจัดการกับความเสี่ยงด้านเงินเฟ้อคือการลงทุนในพันธบัตรที่ได้รับการคุ้มครองเงินเฟ้อของสหรัฐฯ (TIPS) เงินต้นของพันธบัตรเหล่านี้จะถูกปรับตามอัตราเงินเฟ้อเมื่อมีการจ่ายให้แก่ผู้ถือหุ้นกู้